1. В стартовом скрипте находим строчку которая содержит текст mysqld_safe и добавляем новый параметр --skip-grant-tables
2. Запускаем MySQL сервер
3. Логинимся на mysql сервер и пересоздаем пароль:
# mysql -u root mysql
mysql> UPDATE user SET Password=PASSWORD('newrootpassword') WHERE User='root';
mysql> FLUSH PRIVILEGES;